ProJusticia fue creada el 30 de Agosto de 1995 mediante el Decreto Ejecutivo N° 3029, publicado en el Suplemento del Registro Oficial N° 772 de 1 de Septiembre de 1995, como unidad técnica adscrita a la Presidencia de la República, para la administración y canalización de recursos internacionales para la Reforma de la Administración de Justicia en el Ecuador. Sin embargo, en abril de 1997, mediante Decreto Ejecutivo No. 199 Projusticia, en tanto proyecto de Modernización de la Administración de Justicia, se adscribe a la Presidencia de la Corte Suprema de Justicia.
